Die Magie in Gothic 2 wird, wie bereits im ersten Teil, mit Hilfe von Runen benutzt. Im Gegensatz zu Gothic 1 kann man im zweiten Teil nur noch in der Gilde der Feuermagier die 6 Kreise der Magie lernen. Der Paladin hat andere Magierunen, die er verwenden kann, um sich entweder zu heilen, oder enormen Schaden anzurichten. Die Drachenjäger dagegen gehen in punkto Magie ganz leer aus und sind auf Schriftrollen angewiesen, falls sie doch einmal zaubern wollen. Ausgenommen hierbei sind die Teleportrunen, die alle Gilden gleichermassen benutzen können.

Eine weitere Besonderheit im Vergleich zu Gothic 1 ist, dass der Magier seine Runen selbst herstellen muss, anstatt sie bei den Händlern zu kaufen. Dazu muss der Magier den entsprechenden Magiekreis und den gewünschten Zauber gelernt haben. Dann benötigt er jeweils einen Runenstein, eine Schriftrolle des Zaubers, den er als Rune herstellen möchte, sowie einige spezielle Zutaten.